当运河岸边的工程营乱子刚起的时候，黄明远便已经发现了乱的况。只是此事实在出乎黄明远的意料，这场动乱出现的时间要比黄明远想象的早。毕竟工程营的役夫还远没到山穷水尽的地步，不大可能冒着杀头的危险去作乱。而且现在子在泗州，平叛的军队也在泗州。
不过事已经发生了，不管什么原因，容不得黄明远再有什么顾虑，当下最重要的事便是平叛。
黄明远一边命人前往杨广的龙舟上报叛乱况，一面命人将他的座驾往岸边靠。此时运河北岸一片混乱，而朝廷的指挥中枢在运河之上，通信不便，势必要移师上岸。
黄明远又令人在座驾之上悬挂帅旗，号令三军。
此时杨广也接到了侍卫的奏报，并派人授权黄明远前往北岸平叛。望着运河北岸工程营处颇大火，杨广的眼中止不住的愤怒。这些叛逆存心给他上眼药，要让他不痛快。尔等叛逆让朕不痛快一时，朕便让尔等不痛快一世。
黄明远靠近运河北岸，直奔运河北岸的右领军府。时右领军府主将为黄明远的旧部麦铁杖，其在平杨谅之乱后以功晋右领军府将军。
杨广南下之时，人数众多，还未完工的运河并不能承载这么大的人流，因此杨广以左右领军府在运河北岸，左右领左右府在运河南岸，与子并行护卫。此时北岸的戍军正是左右领军府。
工程营的役夫虽然叛乱声势很大，但也就是在工程营内闹腾，并没有影响到岸边的军队。
众人眼看工程营闹腾势大，不敢擅专，这才使得叛乱没有在第一时间被平定。
黄明远到达右领军府军营之后，右领军府军营内部也出现了混乱。原来军中忽有谋反者起事动，在夜间，惊乱起火，因而全军尽受其扰。
黄明远边一同宣旨的虞世基以为右领军府协同工程营役夫叛乱，难以信任，因此劝黄明远暂避锋芒。
黄明远眼看北面的叛乱越闹越大，若是右领军府大营一样乱了，光靠左领军府大营根本压制不住。
这些役夫虽然没有全部叛乱，但碍不住对方的裹挟。一旦让对方成势，便是百万役夫同乱，到时候怕是整个泗州都要完了。
黄明远心中清楚，这个时候，绝不能乱。
黄明远对虞世基道：“虽然不知道右领军府为什么生乱，但这一定不会是全营尽反，若是此时把右领军府兵当做生乱的队伍，则是将其推到了对力面上。我想今的叛乱必是有组织的预谋，而右领军府的生乱也是潜藏其中的人故意生事，想藉此动去惑乱众人而已。”
黄明远乃令虞世基将圣旨交给自己，而其前往河南岸的左领左右府调兵，命其前往北岸平叛。
而黄明远带人闯入右领军府军营，直奔帅帐，这时麦铁杖正在调兵平乱。
黄明远接过指挥权，下令军中士兵只要不是谋反者就在原地安坐勿动，黄明远自守立于阵中，又令麦铁杖扛着他的帅旗带领亲兵数十人，清缴军中叛乱。很快麦铁杖便将生乱的士兵一一消灭，并擒获了制造动乱的首领，彻底挫败了谋反。
黄明远顾不上审问，便将这些匪徒全部交给陆贞，令其彻查。
此时运河之中的备府兵也上了岸。杨广登基之后，重整备府，缩减为左右二府，分别是由段达、赵才二人指挥，又令亲信独孤盛、司马德戡、宇文成都、裴虔通等人征召数千关中精锐，建立骁果军中军，以为亲兵。
此时左右备府登岸之后，黄明远下令左右领军府主力分别从东西两个方向包夹乱军，稳定局势。又令段达、赵才二人指挥的左右备府军为中军，直奔叛军最集中的方向。
黄明远要求众人，第一要务不知歼敌，而是要将叛军和未生乱的役夫全部隔开，防止未生乱的役夫被叛军裹挟。
同时黄明远又命各军将外围未生乱的役夫带到西面二十里的空地安置，然后再对叛军进行清剿。
叛军到底有多少人不好，但整个运河北岸数十万人，人声鼎沸，火光冲，只看气势，犹如地崩裂一般混乱嘈杂。这些叛军似乎也不敢进攻军营，反而不断在工程