明崇祯十七年、清顺治元年、顺永昌元年、西历1644年三月十五日，顺军抵达居庸关，刚刚被明廷晋封为定西伯的明总兵唐通与司礼监太监杜之秩开关迎降，明昌平巡抚何谦与总兵马岱则不经一战便率部逃走。
三月十六日，顺军又占领了昌平；到了第二天，顺军便兵临了北京城下。
而此时，北京城的守军尚有十万，但其中驻守城外的京营见顺军抵达，便轰然逃散，结果，其手中的火炮、鸟铳等武器及一众弹药粮秣都落入了顺军之手，成为了顺军攻打北京的利器和维持。
剩下在城内驻守者倒是没办法逃，但这部分守军只有“羸弱兵五六万”，而“内外城堞凡十五万四千有奇”，也就是说一个兵要防守数个城堞缺口，因此，崇祯皇帝只能下令“上自各监局掌印、下至火者俱上城”参战，如此“每堞始得一人”。
至于崇祯皇帝殷切希望的辽镇兵马这个时候才刚刚率部离开宁远，尚未抵达山海关，根本就不能救崇祯皇帝于水火之中。
三月十八日，顺军开始进攻西直门、平则门（即阜成门）、彰义门（即广安门），并派在宣化投降的太监杜勋、在昌平投降的十三陵守陵太监申芝秀进城与崇祯皇帝谈判。
杜勋“盛成贼人马强壮、锋不可当”，要崇祯皇帝“自以计”。
申芝秀则“备述贼不道语”，要崇祯皇帝“避位”，把天下禅让给李自成。
崇祯皇帝不肯接受杜勋和申芝秀代表顺军所提条件，所以，谈判没有成功；于是，闯军继续猛攻三门，下午申时前后，便攻克了彰义门，夺取了北京外城。
当晚，顺军开始攻打北京内城，崇祯皇帝见状不妙，先拜会了皇嫂懿安皇后张嫣，懿安皇后在崇祯走后立刻上吊自杀；随即崇祯皇帝又逼着发妻周皇后自尽，然后把太子朱慈烺、定王朱慈炯、永王朱慈炤送出宫外躲避。
与三个儿子告别时，崇祯皇帝解去三人“常服”，替孩子们换上破衣烂衫，然后告诫他们：“汝今日为太子，明日为平人，在乱离之中，匿形迹，藏名姓，见年老者呼之以翁，年少者呼之以叔伯，万一得全，来报父母仇，无望我今日之戒。”
崇祯皇帝这番话里充满了舐犊之心，但他所托非人，北京城破后，太子朱慈烺先被顺军捕获，然后随着李自成出击山海关后，又下落不明生死未知----有一种传言是，朱慈烺后来逃回北京，逼入外公周奎府中，周奎却把朱慈烺献给了清廷，最终导致朱慈烺被杀。
定王、永王更是人间蒸发----也有人说是周奎把定王、永王献给了顺军，导致两人在随李自成征战中不知所终----后来，清明两边都闹出了假太子案，但实在是没办法证实两人为真，因此，崇祯皇帝的血脉就此断绝了······
送出太子和二王后，崇祯皇帝亲手杀死了六岁的女儿昭仁公主，又砍断了长女长平公主的手臂，这才带着最后的绝望，会同提督内外京城司礼太监王承恩等十余名太监，“手持三眼枪”、“骑而持斧”、离开皇宫。
崇祯帝的目的是趁着夜色出城，然而他们行至齐化门（即朝阳门）时，“守城内监疑有变，以矢石相向”，不得出；再走安定门，“又不得启”；兜兜转转一圈后，天色已经渐亮，眼见得是无论如何冲不出重围了，所以，崇祯皇帝便与王承恩重新回到皇宫，一起吊死在了万岁山（即煤山、景山）上。
三月十九日，闯军大批进入内城，城内百姓“俱书顺民二字贴于门口”并“设香案、贴黄纸一条，书‘大顺永昌皇帝万岁万万岁’”。
当日正午时分，李自成“毡笠缥衣，乘乌驳马”，自德胜门进入北京内城，一众明廷文武大臣齐齐跪在午朝门前，大明北京朝廷就此宣告覆灭了······
北京失陷的第二天，朱由崧终于获准携带家人进入淮安城内的私宅休息。
“爹爹，这里我们已经住过。”从转驳的骡车下来，小女儿朱淑芬便兴高采烈的问朱由崧道。“今后，我们就不用再搬家了吧？”
朱由崧笑着摇了摇