此时的太陵城里，大小衙门正为了新皇登基而忙得不可开交。之前在玄素清的努力下，太子终于得到了南都上下的一致拥戴。但就太子是先行监国还是立即登基的问题，大小官员之间产生了分歧，冉之祺为首的阁臣们希望太子先行监国，等发了悼念乾圣皇帝的哀诏后，再登基称帝，这样合乎礼法。但汪正明和北来的袁思孝他们却坚决要求太子立即登基，怕万一夜长梦多坏了国体。双方僵持不下，太子也犹豫不决。后来还是玄素清主张：非常之时不必事事居于旧礼。南方各省虽未经大的战火，但北都陷落的消息传开后，必使得军民离散之心渐起。因此，为了收拾人心，共抗外侮，太子还是尽快登基的好，毕竟只有竖起了王旗，人心才有归附之所。
就这样，太子殿下不再暂行监国，也省去了三辞三让的礼制，五月十五日便在太陵城中举行登基大典。好在居于太陵城正中位置的大津旧时皇宫还大体完好。虽然百年以来，多个宫殿被有司衙门占去，但主殿太极殿尚在，且左右几个宫院大体情况也还不错，正好可以收拾出来当作新皇的寝宫。
一切准备就绪，五月十五日一大早，太子领着一众文武官员先来到城北的观星台，在玄素清和袁思孝的陪同下，太子登上了这个高高的平台，三人一身白衣，面对着北方跪下三叩九拜之后，太子眼中翻涌出了泪花，在大兴城里与父皇绝别的一幕，再次出现在他的眼前，如今天人两隔，百感交集。他直起身板，双手合十高过额头，任凭泪水灌入口中，忍耐着剧痛的内心，强撑着更咽的喉咙，哀诵道：“父皇啊，儿心痛啊！想我父皇以天挺神资，丕承祖宗宏绪，国步多难，民生日蹙。勤学力政，罔有休暇，宵食旰衣，无时或怠，自有生民始，未尝有如我父皇之焦劳者。不期以礼使臣，而臣忍以不忠报，以仁养民，而民忍以不义报，尤可恨者，市井猾贼，宵小侏儒，偶乘杀运以射天，遂肆凶锋而犯阙，逼我皇考，纵掠宫闱。群丑聚堂，行酒而遍征民妇，囮张市肆，编册而尽括赀财。儿今临位，敬告天地父母，绝不忘亡国之恨，不弃北境百姓，不遗宗社于贼手，正塑难偏安，汉贼不两立，儿当卧薪尝胆，兹者亲统大师，出生民于水火，复大津之威仪……”
素清和思孝上前左右搀起了太子，太子已经泣不成声了，两人也并不出言相劝，而是扶着太子一同缓缓走下观星台。台下百官明白，现在太子身边的这两位已是朝廷的新贵。正是在昨天，太子不经内阁拟定，直接下了中旨，受玄素清以荣禄大夫入阁辅政，位在冉之祺下。袁思孝则受封都察院左都御史领兵部侍郎衔，在新立的尚兵院中任尚兵副使。这尚兵院也是素清提议建立的，之后兵部负责日常整军，编练士卒等，而在战时，军队的调动，作战方针等都由尚兵院筹划，并依皇帝旨意下达至领兵将官。这样一来，整军备战与指挥作战两权分开，兵权不再擅专。三镇总兵当然不甘心被收了权，但好在士卒们都还在自己手上，真打起战来，听不听话的还在自己，所以也就不说什么。
观星台上拜告了大行皇帝，太子换下了孝服与众臣回到了太极殿前等待吉时的到来。巳正时分，太极殿前钟鼓齐鸣，新皇帝在乌金甲士组成的仪仗的簇拥下，从殿前的御道上向着殿上的宝座走来，新任大内秉笔太监汪正明此刻正跪立于御座之下，而在御道的东边跪满了文官，西边则跪满了武将，人人低头禁语，待新天子步入正殿坐上宝座后，立于殿门两侧的上林卫军士，快步来到阶下，抽出长鞭鸣鞭致礼，百官开始行叩首并山呼万岁，此时，只见一名礼部鸿胪寺官员，高捧一卷明黄圣旨快速碎步由侧边小门进了大殿，并上前小心翼翼地将圣旨展于御座前的御案上。随后，秉笔太监汪正明从案侧取出宝玺双手呈给了新天子，新皇接过宝玺，从容地将印面压在了眼前的圣旨上。堂下内外之人再次山呼起“万岁”来。
汪正明重新卷起圣旨交给了鸿胪寺的官员，很快，上林卫军