将军英亲王阿济格取道陕北，进攻已经退守西安的李自成农民军，率军由内蒙入陕北，攻陷四城，降三十八城，随即挥师南下。后来多铎率军攻进潼关，直逼西安。李自成被迫放弃西安，退往湖广。阿济格奉旨率军剿除“流寇余孽”，鳌拜等遂分翼出师，水陆并进，于河南邓州和湖北承天、德安、武昌等地前后十三战，重创大顺军。顺治二年（1645）六月，李自成于湖北九宫山遇害，大顺军瓦解。清军前后攻陷河南、湖广、江西、南京等地六十三城。
打垮李自成，清军开始对付大西军。顺治三年（1646）正月，鳌拜随豫亲王多铎等率军进攻张献忠大西农民军。清军得知张献忠率军已退到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率领先头部队前往狙击。两军相遇，鳌拜等人又是身先士卒，往前猛冲。大西军抵挡不住而溃败，张献忠也于此役中被杀。清军击破大西军营垒130余处，斩首数万级，获马骡牲畜12200余匹。打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军。大西军余部在孙可望、李定国率领下退往云贵地区，继续抗清。击破大西军，鳌拜实居首功。
鳌拜因为皇太极的知遇之恩，所以对皇太极是死忠，导致其一直想立福临当皇帝，然而事与愿违，福临当了太子。
可见，鳌拜不仅是战场上的一员骁将，也是皇太极忠心耿耿的心腹，他一直支持的是福临，并不是多尔衮。
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